EPFL, kanser araştırmalarını hızlandıracak yeni bir doku atlası geliştirdi.
Yeni Doku Atlası: Spora
EPFL araştırmacıları, 5,000’den fazla hastadan alınan örnekleri bir araya getiren dünyanın en büyük açık erişim doku görüntüleri koleksiyonu olan spora’yı oluşturdu. Bu yeni kaynak, yapay zeka araştırmalarını hızlandırmayı ve dokuların nasıl işlediğini, hastalıkların nasıl geliştiğini anlamayı hedefliyor.
Doku Düzeni ve Hastalık
Doku içindeki hücrelerin düzeni, hastalık hakkında hücrelerin kendisi kadar bilgi verebilir. Örneğin, doktorlar bir kanser tümörünü incelerken sadece hangi hücrelerin mevcut olduğuna bakmaz, aynı zamanda bu hücrelerin nasıl düzenlendiğini ve birbirleriyle nasıl etkileşimde bulunduğunu da bilmek isterler. Kanser hücrelerinin komşu bağışıklık hücreleriyle etkileşimi, hastalığın nasıl geliştiği veya tedaviye nasıl yanıt verdiği konusunda önemli ipuçları sunabilir.
Spora’nın İçeriği ve Geliştirilme Süreci
Spora, 14 farklı doku kaynağını ve beş görüntüleme teknolojisini kapsayan 13,546 çoklu görüntü içermektedir. Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı’nın Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü ile iş birliği içinde geliştirilen bu koleksiyon, iki yıl süren yoğun bir çalışmanın sonucunda ortaya çıkmıştır. Araştırmacılar, binlerce görüntüyü düzenlemek, protein notasyonlarını standartlaştırmak ve tıbbi bilgileri eşleştirmek zorunda kaldılar.
Araştırmacılara Kolaylık Sağlayacak
Benedikt von Querfurth, “Veri toplamak ve uyumlu hale getirmek büyük zaman alıyor, bu da büyük ölçekli yapay zeka gelişimi ve biyolojik keşifler için önemli bir engel oluşturuyor,” diyor. Spora, araştırmacılara kullanıma hazır verilerle başlama imkanı sunarak, modelleri ve biyolojik soruları üzerinde yoğunlaşmalarına yardımcı olmayı hedefliyor.
Hastalar için Daha İyi Tahminler
Spora’nın koleksiyonu, orijinal çalışmalara ve notasyonlarına bağlantılar sunuyor. Ölçülen proteinler, görüntüleme koşulları ve mevcut klinik bilgilerdeki farklılıklar görünür durumda kalıyor. Lukas Klein, “Bir model bir çalışmada iyi performans gösterebilir ama hastalar, laboratuvar veya ölçüm teknolojisi değiştiğinde zorlanabilir,” diyor. Ortak veri setleri ve değerlendirme protokolleri, bu farklılıkları sistematik olarak incelememizi sağlıyor.
Gelecek Hedefleri
Şu anda spora, öncelikle kanser araştırmalarına odaklansa da, ekip daha fazla doku, hastalık ve görüntüleme teknolojisini içerecek şekilde genişlemeyi umuyor. Charlotte Bunne, “Amacımız, binlerce doku örneğinde öğrendiklerimizi, bireysel hastalara yardımcı olabilecek içgörülere dönüştürmek,” diyor. Klinik uzmanlarla yakın çalışarak, hastaların hastalıklarının nasıl ilerleyeceğine ve hangi tedavilerin en faydalı olacağına dair daha iyi tahminler sağlamayı hedefliyorlar.
