AlphaFold Veritabanı, 2,800’den fazla virüs için tahmin edilen protein kompleks yapılarını açıkladı.
Pandemi Hazırlığı için Önemli Bir Adım
Yeni yayımlanan veri seti, insanları enfekte eden virüs ailelerinden alınan proteomları önceliklendirerek, ortaya çıkan patojenleri daha iyi anlamak ve koruma sağlamak amacıyla hazırlandı. Bu çalışma, EMBL Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü (EMBL-EBI), Google DeepMind, NVIDIA, Seul Ulusal Üniversitesi, Glasgow Üniversitesi, İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü (SIB), Epidemik Hazırlık İnovasyonları Koalisyonu (CEPI) ve Güney Kore’deki Sungkyunkwan Üniversitesi gibi uluslararası işbirliklerinin bir sonucu olarak gerçekleştirildi.
Virüslerin Protein Ağı ve Önemi
Virüsler, insan hücreleriyle etkileşim kurmalarını sağlayan özel proteinlerden oluşan karmaşık bir ağ üzerine inşa edilmiştir. Bu proteinlerin 3D yapısının görselleştirilmesi, virüslerin yüzeyinde tanı, tedavi ve aşılar için kritik hedefler olan bölgeleri açığa çıkarabilir. Bu tür veriler, gelecekteki pandemilere daha hızlı yanıt verilmesine yardımcı olabilir.
Gelecek Sağlık Acil Durumlarına Hazırlık
COVID-19 pandemisi, dünyanın yeni viral tehditlere karşı ne kadar hazırlıksız olduğunu gözler önüne serdi. Küresel Kalkınma Merkezi’nin yaptığı bir analiz, 2050 yılına kadar dünyanın COVID-19 kadar ciddi bir pandemik tehdit ile karşılaşma olasılığının neredeyse %50 olduğunu öngörüyor. Ancak birçok küresel sağlık uzmanı, gelecekteki pandemilerin etkilerini azaltmanın mümkün olduğunu savunuyor.
100 Günlük Misyon
Bir girişim olan 100 Günlük Misyon, yeni bir viral pandemik tehdidin tanımlanmasının ardından ilk 100 gün içinde güvenli ve etkili tedavi ve aşıların devreye alınmasını hedefliyor. Bu hedefe ulaşmak, virüsler hakkında yapısal bilgilere erişim gerektiriyor. AlphaFold Veritabanı’ndaki tahmin edilen viral protein komplekslerinin açık erişime sunulması, bu yapıları anlamaya yardımcı olacak ve olası bir salgın durumunda aşı ve diğer önlemlerin geliştirilmesini destekleyebilir.
Uluslararası Toplantı ve Veri Setinin Duyurusu
Bu veri setinin duyurusu, 25 Eylül’de Birleşmiş Milletler Genel Kurulu’nda yapılacak Pandemi Önleme, Hazırlık ve Yanıt Yüksek Düzeyli Toplantısı ile aynı tarihe denk geliyor. Toplantıda, 2023 yılında küresel pandemi hazırlığını güçlendirmek için yapılan taahhütlerin ilerlemesi değerlendirilecek. İşbirlikçiler, yeni veri setinin duyurusunu 24 Eylül’de CEPI ve Dünya Ekonomik Forumu tarafından düzenlenen bir yuvarlak masada yapacak.
Açık Erişim ve Bilimsel Araştırmalar
Google DeepMind, EMBL-EBI ile birlikte AlphaFold Veritabanı’nı oluşturduğundan beri, bilim insanlarına tahmin edilen protein yapıları üzerinde açık erişim sağlamaktadır. Veritabanı, 260 milyonun üzerinde protein ve protein kompleksi tahminine ulaşarak, bilimin bildiği hemen hemen her protein için kapsam sağlamaktadır.
Sorumlu Kullanım ve Sınırlamalar
Tahmin edilen protein yapıları, viral proteinlerin nasıl görünebileceğini ve nasıl etkileşime girebileceğini gösterirken, genetik varyasyonun virüs üzerindeki etkisini ya da konak-patojen etkileşimlerini öngörmez. Bu nedenle, bilim insanları bu tahminleri kullanarak virüslerin daha öldürücü veya bulaşıcı hale gelmesini ya da insanları enfekte eden virüsleri mühendislik ile değiştirmeyi başaramazlar.
